『식중독 표준업무 지침』은 식약처와 지자체 등 관계기관의 담당자가 식중독 발생 시 상황보고, 원인·역학조사, 결과보고 등 신속한 조치를 하기 위한 업무지침서다.

제1장 개요
1. 목적
2. 법적 근거
3. 적용 범위
4. 용어 정의
5. 식중독 발생 보고
6. 식중독 예방·관리 체계

제2장 식중독 예방·관리 업무
1. 범정부 식중독 대책협의기구 구성·운영
2. 집중관리 시설 식중독 예방·관리
3. 식중독 조기경보시스템
4. 식중독 예방진단 컨설팅
5. 식중독 현장대응 모의훈련
6. 식중독 신속보고 모의훈련
7. 식중독 비상 연락체계 운영

제3장 식중독 발생 시 신속대응 요령
Ⅰ. 식중독 대응 체계
1. 식중독 발생 시 대응 흐름도
2. 기관별 업무 수행 체계
3. 학교 식중독 발생 시 단계별 수행 업무

Ⅱ. 식중독 원인·역학조사
1. 식중독 발생 보고
2. 식중독 원인·역학조사반 운영
3. 현장조사 준비
4. 식중독 현장조사
5. 검체 채취 요령
6. 식중독 확산 차단 및 원인 식품 추적조사
7. 현장조사 결과 입력
8. 식중독 조기 경보 시스템 상황 전파
9. 식중독 의심 신고 상황 보고서 작성
10. 식중독 원인·역학조사 결과 보고

Ⅲ. 식중독 추정 원인별 업무처리 요령
1. 식품용수 오염시 조치사항
2. 식재료 오염시 조치 사항
3. 시설·사람에 의한 오염 시 조치사항

제4장 식중독균 검사방법
1. 식중독 원인조사 시험원칙
2. 식중독 원인조사 주의사항
3. 식중독 원인조사 시험 절차
4. 추적관리 시스템 입력 절차
5. 식중독 신속검사 차량 시험법

제5장 식중독 원인체별 특징
1. 장병원성대장균(Enteropathogenic E. coli; EPEC)
2. 장출혈성대장균(Enterohemorrhagic E. coli; EHEC)
3. 장침입성대장균(Enteroinvasive E. coli; EIEC)
4. 장독소성대장균(Enterotoxigenic E. coli; ETEC)
5. 장흡착성대장균(Enteroaggregative E. coli; EAEC)
6. 살모넬라(Salmonella spp.)
7. 클로스트리디움 퍼프린젠스(Clostridium perfringens)
8. 캠필로박터 제주니(Campylobacter jejuni),
9. 캠필로박터 콜리(Campylobacter coli)
10. 장염비브리오(Vibrio parahaemolyticus)
11. 비브리오 콜레라(Vibrio cholerae)
12. 비브리오 불니피쿠스(Vibrio vulnificus)
13. 바실루스 세레우스(Bacillus cereus)
14. 황색포도상구균(Staphylococcus aureus)
15. 리스테리아 모노사이토제네스(Listeria monocytogenes)
16. 쉬겔라(Shigella spp.)
17. 여시니아 엔테로콜리티카(Yersinia enterocolitica)
18. 클로스트리디움 보툴리눔(Clostridium botulinum)
19. 노로바이러스(Norovirus)
20. A형 간염바이러스(Hepatitis A virus)
21. E형 간염바이러스(Hepatitis E virus)
22. 로타바이러스(Rotavirus)
23. 아스트로바이러스(Astrovirus)
24. 장관아데노바이러스(Enteric Adenovirus)
25. 사포바이러스(Sapovirus)
26. 이질아메바(Entamoeba histolytica)
27. 람블편모충(Giardia lamblia)
28. 작은와포자충(Cryptosporidium parvum)
29. 원포자충(Cyclospora cayetanesis)
30. 쿠도아(Kudoa septempunctata)

제6장 식중독 예방 교육·홍보
1. 식중독 예방 교육
2. 식중독 예방 홍보

제7장 식중독 통계
1. 식중독 통계 개요
2. 식중독 발생 현황
3. 식중독 통계 정정 절차

부록